La colección arqueológica adquirida a Max Konanz, ciudadano suizo, durante 30 años de transitar por territorio ecuatoriano, fue adquirida por la Institución, convirtiéndose en el núcleo inicial del futuro Museo. En una casa ubicada en la calle García Moreno y Sucre, en Quito, estos tesoros ancestrales fueron organizados, dándose con esto inicio a la conformación científica de las colecciones arqueológicas, artísticas y numismáticas, las que una vez sistematizadas, investigadas, clasificadas e incrementadas, después de 10 años de gestación, el 1º de diciembre de 1969, en los 5º y 6º pisos del nuevo edificio del Banco Central del Ecuador en la Av. 10 de Agosto y Briceño, se abrió al público el "Museo Arqueológico y Galerías de Arte del Banco Central del Ecuador", que se conocería luego bajo el honroso nombre de "Guillermo Pérez Chiriboga".

La idea impulsora de los gestores del Museo fue procurar que el Ecuador tuviera asideros fundamentales, pruebas tangibles y testimonios reales en los cuales afincar y consolidar un concepto de nación. Así se fue generando no solo un Museo, sino sobre todo un principio: que la cultura debe estar en el centro del desarrollo del país, iniciativa que más tarde fue desarrollada por la UNESCO y conocida como "la dimensión cultural del desarrollo".

A lo largo de los años, el Museo se convirtió en la Institución pionera en la salvaguarda del patrimonio cultural de la nación, abriendo su gestión hacia la difusión museológica de sus acervos, con énfasis en la didáctica a estudiantes y propiciando la fundación de numerosos museos de sitio en las distintas regiones del Ecuador. Expandió su campo de acción a la promoción de su patrimonio en el exterior, logrando que el país sea conocido y respetado culturalmente más allá de sus fronteras. Con el fin de preservar adecuadamente sus colecciones destinó recursos suficientes para la restauración de sus colecciones patrimoniales con talleres especializados en cerámica, piedra, metales, madera, papel, textiles, pintura de caballete y pintura mural. Asumió con responsabilidad la salvaguarda del patrimonio del país e incursionó exitosamente en la restauración de monumentos arqueológicos y coloniales; en la investigación antropológica, etnográfica, etnohistórica y artística.

En 1992, con el propósito de brindar al público espacios más amplios de exposición, las autoridades del Banco Central del Ecuador resolvieron trasladar sus instalaciones hacia un nuevo y amplio local en el edificio de la "Casa de la Cultura Ecuatoriana", en la Av. Patria entre 6 de Diciembre y 12 de Octubre, manteniendo sus reservas y oficinas administrativas en el Edificio “Aranjuez”, situado en las calles Reina Victoria y Jorge Washington. El Archivo Histórico, la Musicoteca se ubicaron en los edificios del Antiguo Banco Central del Ecuador, en el Centro Histórico. Para entonces, el Museo cubría con sus colecciones el amplio espectro de la cultura del país tanto cronológica como espacialmente por lo cual se lo empezó a llamar "Museo Nacional del Banco Central del Ecuador".

En Guayaquil, sede de la Sucursal Mayor del Banco Central del Ecuador, el Museo mantuvo salas abiertas de arqueología y arte contemporáneo, en el edificio situado en la Antepara y 9 de Octubre. Actualmente, su quehacer cultural se desarrolla en el “Malecón 2.000”. La institución recibió en comodato el célebre "Archivo Histórico del Guayas" desarrollado por un ilustre guayaquileño Julio Estrada Icaza. En la actualidad este repositorio es administrado por la fundación creada con este propósito por el Municipio de Guayaquil, pero patrocinado por el Banco Central del Ecuador. Igualmente se dispone de una biblioteca de consulta estudiantil.

En Cuenca, el Museo cuenta con edificio situado en la Calle Larga, en el histórico lugar conocido como Pumapungo; existen salas de arte colonial y republicano, así como de etnografía, numismática y un interesante fondo bibliográfico documental.

En el campo arqueológico, los Museos del Banco Central del Ecuador han cumplido un papel primordial en el rescate del patrimonio ilícitamente excavado y en riesgo de ser sacado fuera del país. Cuenta con una existencia actual y nacional de 39.149 piezas arqueológicas en cerámica, piedra, hueso, madera, textiles, metales, piedras preciosas y semipreciosas, etc., lo cual ha servido para crear una auténtica conciencia sobre nuestras raíces culturales aborígenes.